Menyelamatkan Gaara

Setelah Naruto kembali ke desa Konoha, dia langsung disambut oleh Kakashi dan Sakura, kemudian setelah Naruto melihat-lihat di sekitar desa Konoha, Kakashi kembali menguji Naruto dan Sakura untuk mengetahui bagaimana perkembangan mereka saat ini. Ujiannya hampir sama dengan ujian ketika Naruto baru saja menjadi Genin. Hanya saja kali ini Kakashi serius dan bahkan menggunakan Sharingan. Awalnya, Naruto dan Sakura kewalahan menghadapi Kakashi yang sangat kuat dan cepat, dan ditambah lagi Kakashi memakai Sharingan. Namun keadaan itu berakhir ketika Naruto berhasil melakukan sesuatu pada Kakashi dan akhirnya membuat mereka berdua lulus pada ujian itu sekali lagi.

Setelah itu, Naruto dan kawan-kawannya diberi misi kelas S untuk menolong Gaara, sang Kazekage sekaligus sahabat Naruto, dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki. Tim 7 lalu mengejar Akatsuki, ditemani Chiyo, seorang wanita tua yang misterius. Deidara lalu membawa Gaara yang tak berdaya untuk diambil Bijuu di dalam tubuhnya. Tim 7 dibantu Tim 9 pimpinan Guru Gai mendobrak masuk persembunyian Akatsuki dan melawan mereka. Sakura dan Chiyo melawan Sasori, Kakashi dan Naruto mengejar Deidara.

Sasori yang merupakan cucu dari Chiyo dengan senang hati melawan neneknya. Chiyo dan Sakura lalu melancarkan serangan gabungan ke Sasori, dan menghancurkan hiruko luar tubuhnya yang ternyata boneka bernama Hiruko. Tubuh asli Sasori, yang masih berupa anak-anak biarpun sudah lebih dari 20 tahun meninggalkan Suna sudah diubah seluruhnya menjadi boneka. Hanya bagian jantungnya saja yang masih manusia. Pertarungan sengit tidak bisa dihindari ketika Sasori memanggil boneka Kazekage ketiga. Dengan kemampuannya, Sasori hampir saja mengalahkan Chiyo dan Sakura. Namun berkat kesigapan Sakura, mereka lolos dari maut.Chiyo lalu mengeluarkan jurus pamungkasnya, Shirohigi:Jikkichikamatsu no Shuu. Sasori juga mengeluarkan 100 boneka andalannya untuk melawan mereka (Akahigi:Hyakki no Souen). Setelah pertarungan dahsyat, akhirnya Sasori bisa dikalahkan dengan menusukkan pedang ke jantungnya. Dia terbunuh oleh boneka yang ternyata adalah replika kedua orangtuanya sendiri.

Naruto dan Kakashi yang mengejar Deidara, akhirnya berhasil menyusul Deidara setelah Kakashi menggunakan Mangekyou Sharingan untuk memutuskan tangan Deidara dan memperlambat gerakannya. Deidara yang terdesak berusaha kabur tetapi sempat dialihkan perhatiannya sesaat oleh Naruto. Deidara yang bersembunyi berhasil ditemukan oleh tim 9 dan diserang. Terdesak, Deidara mengeluarkan jutsu peledakkan diri untuk menutupi dirinya yang kabur lewat bawah tanah. Naruto dan kawan-kawan lalu mengambil tubuh Gaara yang sudah mati. Chiyo tergugah melihat Naruto mengorbankan nyawanya untuk menyelamatkan Garra dan menukar nyawanya untuk menghidupkan kembali Gaara. Ninja Konoha kembali ke desa setelah berpamitan dengan sang Kazekage, Gaara .

 Sasuke dan Sai

Di Konoha, Kakashi terkapar tak berdaya dikarenakan misi yang dia jalani sebelumnya, dan harus dirawat di rumah sakit. Dia lalu digantikan oleh Yamato, seorang ANBU yang pernah menjadi junior Kakashi pada masa lalu. Dia menjadi pengganti Kakashi untuk sementara. Untuk melengkapi tim 4 orang, maka ditunjuklah satu orang lagi dari "Roots" (salah satu cabang dari ANBU yang tidak diakui lagi) bernama Sai. Pada awalnya, Naruto dan Sakura tidak menyukainya karena kebiasaan Sai yang sering berbicara kasar. Biarpun begitu, Sai hanya menjalankan prinsipnya sebagai anggota "Roots". Karena ketidakkompakan tim, Yamato murka dan mengancam akan mengurung mereka dalam penjara kayu agar akrab satu sama lain. Di sini terlihat sisi lain Yamato yang sadis dan mencerminkan seorang ANBU: Mengerikan, dingin dan intimidatif. Biarpun begitu Yamato tidaklah bermaksud buruk. Yamato juga diberi perintah untuk mengawasi Sai oleh Tsunade.

Merekapun lalu pergi ke Tenchikyo dengan Yamato menyamar menjadi Sasori, untuk menemui mata-mata sang pengendali boneka dari Akatsuki tersebut, yang tidak lain adalah Kabuto, ninja pelarian Konohagakure. Ternyata Kabuto hanya berpura-pura menjadi mata-mata untuk menjebak Sasori. Pertarungan antara tim Yamato melawan Kabuto dan Orochimaru pun tak terelakkan. Naruto yang tak terkendali lalu melepaskan chakra Kyuubi dalam jumlah besar sehingga ia berubah ke bentuk Kyuubi ekor empat. Dia mulai menghancurkan wilayah sekitarnya dengan serangan-serangan dahsyat tanpa membedakan kawan ataupun lawan. Orochimaru tetap lolos dan melarikan diri sementara Yamato dengan jurus elemen kayu (yang sama dengan jurus Hokage pertama) menyegel dan mengembalikan tubuh Naruto ke bentuk semula. Naruto merasa bersalah karena melukai Sakura dalam wujud Kyuubi ekor empat.

Akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Orochimaru. Ternyata Sai memiliki misi untuk membunuh Sasuke. Tetapi dia mengabaikan misi tersebut karena melihat kesungguhan Naruto dalam mencari Sasuke. Ternyata Sasuke malah bersikap dingin dan mau saja dimanfaatkan Orochimaru asalkan bisa membalas dendam kepada Itachi Uchiha, kakaknya yang telah membantai klan Uchiha seorang diri. Sasuke lalu bertarung melawan tim Yamato, tapi pada akhirnya mundur bersama Orochimaru dan Kabuto. Tim Yamato pun pulang ke Konoha dengan penuh kekecewaan.

 Konfrontasi dengan Akatsuki

 Pencarian anggota Akatsuki

Naruto yang merasa kecewa meminta untuk dilatih oleh Kakashi. Kakashi lalu mengajarkan cara memanipulasi chakra miliknya. Dia menggunakan metode yang sangat ekstrem (Taju Kagebunshin), tapi cocok dengan keadaan Naruto yang sekarang. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun dengan chakra, lalu memotong air terjun, dan terakhir dia harus menyempurnakan rasengan dengan memasukkan chakra angin ke dalam Rasengan tersebut. Sementara itu, Tsunade menginstruksikan pencarian anggota Akatsuki yang memasuki Konoha. Asuma, Shikamaru, Izumo dan Kotetsu (2 Jonin yang membantu Asuma dan Shikamaru) bertemu dengan Hidan dan Kakuzu. Mereka lalu bentrok dengan masing-masing. Ternyata Hidan memiliki tubuh aneh yang bisa dibilang tidak bisa mati. Walaupun kepalanya sudah terpotong, tetap saja masih hidup. Asuma pun terluka parah terkena jurus Hidan, yaitu semua luka yang diderita Hidan, seluruhnya akan mengenai orang yang darahnya telah digunakannya untuk jurus katon kemudian asuma pun tewas melawan hidan. akhirnya shikamaru dkk membawa pulang jasad asuma. pertarungan pun kembali di mulai antara shikamaru vs hidan kakashi vs kakuzu kakashi terdesak melawan kakuzu yg mempunyai 4 jantung sementara shikamaru berhasil mengalahkan hidan. kakashi terdesak dan datanglah naruto bersama yamato, sakura dan sai, sai dan sakura berniat untuk membantu shikamaru yang tidak tahu bahwa shikamaru telah menang. sementara itu naruto melawan kakuzu dan akhirnya kakuzu mati dengn jurus baru naruto yang disebut fuuton rasen shuriken